B型肝炎ウイルスは血流に入り、肝細胞に入り、主に反復する。複製は、骨髄、膵臓、腎臓、リンパ球の細胞でも可能であるが、強度は低い。ウイルスが肝細胞の表面に吸着された後、その外殻が破壊され、核粒子(ヌクレオカプシド)が細胞を貫通して核に入る。