PCR法を用いたクラミジア診断は、現在検査室で使用されている方法の中で最も感度と特異度が高く、感度は95～97%、特異度は95～98%です。
マイコプラズマは日和見病原体と考えられています。マイコプラズマは上皮細胞膜上に持続寄生し、細胞外および細胞内に局在する可能性があります。
PCR法は、検体中の淋菌DNAを直接検出し、その濃度を定量化することを可能にします。検体には、痰、洗浄液、尿、様々な臓器や嚢胞からの吸引物などが含まれます。
胃粘膜生検におけるヘリコバクター ピロリの検出における PCR の診断感度は 88 ～ 95.4%、特異度は 100% です。糞便浸出液では、それぞれ 61.4 ～ 93.7%、100% です。
結核感染を診断するための血清学的方法（結核菌に対する抗体を検出する）とは異なり、PCR では、結核菌 DNA を直接検出し、検査材料中のその濃度を定量的に表現することができます。
ヒトパピローマウイルス (HPV) は、上皮細胞に感染し増殖性病変を引き起こす、DNA を含む小さな発癌性ウイルスです。
最近では、PCR法（非常に感度が高く、特異的で迅速な診断法）を使用して、皮膚または粘膜（目の結膜を含む）の水疱や潰瘍の材料からHSV 1および2 DNAを検出する方法が、ヘルペス感染の診断に使用されています。
患者の血液中のウイルスをPCRで調べ、サイトメガロウイルス感染を診断し、抗ウイルス治療の効果を監視します。
PCRを用いたHIV RNAの直接定量的測定は、CD4+細胞数よりもHIV感染者の疾患進行速度をより正確に予測し、ひいては生存率をより正確に評価することを可能にします。ウイルス粒子数の増加は、通常、重度の免疫障害およびCD4+細胞数の減少と相関します。
