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通常、検査材料にはマイコプラズマは存在しません。
マイコプラズマは日和見微生物と考えられています。上皮細胞の膜上に持続寄生し、細胞外および細胞内に局在します。ヒトを自然宿主とするマイコプラズマは約11種が知られています。これらのうち、 M. hominis、 M. pneumoniae、M. genitalium、M.fermentas、およびU. urealyticumが臨床的に重要です。
PCR法は、検査対象物中のマイコプラズマDNAを直接検出します。肺疾患におけるマイコプラズマ検出に最適なPCR検査材料は、気管支洗浄液です。尿路疾患では、尿、尿道分泌物、膣分泌物、子宮頸管分泌物、前立腺液が検査されます。尿路性器感染症では、U. urealyticumが最も多く検出され、症例の20~50%で検出されます。M.hominisは10~25%で検出されます。