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最近、 PCR法(非常に感度が高く、特異的で、迅速な診断法)を用いて、皮膚または粘膜(眼の結膜を含む)の水疱や潰瘍の材料から単純ヘルペスウイルス1型および2型のDNAを検出することが、ヘルペス感染の診断に用いられるようになりました。この方法は、脳脊髄液中のウイルスの検出にも使用できます。PCR結果が陰性であっても、ヘルペス感染を除外することはできません。病原体の増殖周期が短い(上皮細胞ではわずか20時間)ため、研究用の材料が採取される時期が早すぎたり遅すぎたりする可能性があるためです。PCR結果が陽性であっても、人体内にウイルスが存在することを示しているだけで、ウイルス保有と活動性感染を区別することはできません。