ヘルペスウイルス6型は、多発性硬化症、新生児けいれん熱、伝染性単核球症、エプスタイン・バーウイルスおよびサイトメガロウイルス陰性感染症、そしてHHV-6関連脳炎の最も可能性の高い病原体と考えられています。HHV-6は、エイズ、一部の子宮頸癌、および鼻咽頭癌の共因子です。