急性外因性アレルギー性肺胞炎は、抗原が経口または経皮的に患者の呼吸器に侵入してから4~12時間後に発症します。患者はすぐに以下の特徴的な症状を呈します:発熱、悪寒(主に夕方)、乾いた咳または少量の粘液性痰を伴う咳、重度の脱力感、胸痛(深呼吸で悪化することがある)、筋肉痛、関節痛、頭痛、安静時および特に運動時の息切れ。呼吸困難発作が起こることもあります。これらの自覚症状は、医師によってインフルエンザ、急性気管支炎、または肺炎と診断されることがよくあります。
患者の客観的検査では、チアノーゼ、息切れ(ときに呼気困難を伴う)が明らかになり、肺の聴診では捻髪音、小中程度の泡立つラ音、ときには散発的な乾いたラ音が明らかになります。
急性外因性アレルギー性肺胞炎は、病因物質との接触が継続すると、呼吸不全が悪化し、重篤な進行性病態を呈することがあります。外因性アレルゲンの影響が消失すると、外因性アレルギー性肺胞炎の症状は速やかに緩和されます。
亜急性型外因性アレルギー性肺胞炎は、通常、比較的少量の抗原に体が曝露された際に発症します。この疾患は徐々に進行し、息切れ(主に中等度の運動時)、著しい脱力感、発汗、微熱、少量の粘液性痰を伴う咳、食欲不振を特徴とします。肺の聴診では、捻髪音と微細な泡立ちを伴うラ音が聴取されます。亜急性型では、断続的な経過を辿ることが多く、アレルゲンとの接触がなくなると、臨床症状は軽減します(例えば、休息日や休暇中)。仕事に戻りアレルゲンに接触すると、病状は再び悪化し、増悪は非常に顕著になることがあります。
慢性型の外因性アレルギー性肺胞炎は、少量の外因性アレルゲンとの長期接触によって発症します。この病態は、進行性呼吸不全(顕著な呼吸困難、灰白色のチアノーゼ)、著しい体重減少、発汗、食欲不振、粘液性痰の分離を伴う咳嗽を特徴とします。肺の身体検査では、広範囲にわたる捻髪音、微細な泡状ラ音、(胸膜線維症および肺線維症がある場合の)「キーキー」音などが認められます。慢性肺性心疾患を発症し、代償不全に至ることもあります。多くの患者では、指の末節骨が「ドラムスティック」状に、爪が「時計の皿」状に肥厚します。
したがって、外因性アレルギー性肺胞炎の慢性型は、特発性線維性肺胞炎と非常によく似ています。