抗生物質の経験的投与の間の細菌耐性の発生を防ぐために、抗菌薬の適切な選択のためには、感染因子の適時の同定が非常に重要である。グラム染色は、感染因子の迅速かつ指標となる確立のために、患者から得られたすべてのタイプの材料(痰、気管支肺胞洗浄液など)を着色する最も一般的な方法である。
喀痰塗抹標本顕微鏡法を用いて、可能性のある病原体の予備評価が行われる。グラム染色されたスミア痰は、栽培と有望な病原体の同定の適性を評価する目的で栄養培地に播種する前に検査される。顕微鏡のわずかな増加でグラムによって染色された塗抹標本が、視野内の25以上の白血球および10個未満の上皮細胞を明らかにする場合、喀痰は適切であると考えられる。栽培に用いることができる高品質の喀痰標本の徴候は、その中の上皮細胞に対する白血球の蔓延だけでなく、白血球の内部または周囲に位置する1つの種の細菌の存在である。調製物中のグラム陽性細菌は濃紺色であり、グラム陰性細菌はピンク色である。非定型肺炎(マイコプラズマ、レジオネラ、リケッチアおよびクラミジア)の原因物質はグラムによって染色されないため、血清学的方法が検出に使用される。
チオール・ニールセンのスポット・スミアは、主として結核菌を中心とした酸性の速い桿菌の同定に使用されます。調製物は、4〜6の異なる場所から選択される膿性痰粒子から調製される。選択された粒子を2つのスライド間で慎重に粉砕して均一な塊にし、空気中で乾燥させ、バーナーの炎の上に固定する。マイコバクテリウム・ツベルクローシス(Mycobacterium tuberculosis)は赤色に着色し、他のすべての痰および細菌は青色に着色する。マイコバクテリウム・ツベルクローシス(Mycobacterium tuberculosis)は、様々な長さの薄くて僅かに湾曲したスティックの外観を有し、端部または中央部で肥厚し、群単位で配列される。マイコバクテリウム・ツベルクローシスの検出は、肺の結核病変の最も信頼できる兆候である。Tsiol-Nielsenによる、活性型の肺結核を用いた塗抹染色方法は、50%の感度および80〜85%の特異性を有する。