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能動免疫を誘導するために、全細胞ワクチンと無細胞ワクチンを用いた百日咳ワクチン接種が行われます。我が国では、全細胞ワクチンは三種混合ワクチン(DPT)の一部として、また百日咳単剤ワクチンとして使用されています。無細胞ワクチンには、百日咳アナトキシン、糸状ヘマグルチニン、およびパータクチンが含まれます。国内で使用されているDPTワクチンの百日咳成分は、不活化百日咳病原体で構成されています。
DPTワクチンによる初回接種は、生後3ヶ月の乳児に0.5mlを3回、30~40日間隔で接種します。再接種は1.5~2年後に行います。ワクチンは肩甲骨部に皮下接種します。百日咳一価ワクチンは、ジフテリアおよび破傷風の予防接種を受けた乳児に0.1mlを皮下接種します。
百日咳の患者は、発症後25~30日間、同年代の人と隔離する必要があります。百日咳患者と接触した7歳未満の乳幼児で、過去に百日咳にかかったことがなく、ワクチン接種も受けていない場合(咳が出ていない場合)、患者との最後の接触から14日間の隔離措置が取られます。
百日咳患者が自宅で治療を受ける場合、患者と接触したことがある7歳未満の小児で、百日咳の症状がない小児は隔離の対象となります。隔離は、最初の小児の咳の発症から25日後に解除されます。百日咳の症状がある小児、7歳以上の小児、および小児施設に勤務する成人は、患者の咳の発症から25日間、医師の監督下に置かれます。最終的な消毒は行われません。