クリプトスポリジウム症の主な症状は下痢症候群で、急性腸炎または胃腸炎として発症し、感染後2~14日で発症します。免疫不全のない患者は、7~10日間(2~26日間)にわたり、非常に不快な臭いを伴う大量の水様便(コレラ様便)を1日に平均20回も排泄します。患者は1日に1リットルから15~17リットルの水分を失います。重度の下痢には、中等度の痙攣性腹痛、吐き気、嘔吐(50%)、軽度の体温上昇(流行期には患者の30~60%で38℃以下)、食欲不振、頭痛が伴います。通常は回復しますが、衰弱した小児では3週間以上持続し、死に至ることもあります。非常に稀ですが、この病気は大腸炎のような症状を呈し、便に血液や粘液が混じることがあります。
様々な免疫疾患を持つ人、特にエイズ患者では、クリプトスポリジウム症は慢性化し(患者が早期に死亡しない限り、最長数ヶ月)、急激な体重減少(スリム症候群)を伴います。最長6~11ヶ月続く慢性経過の症例が多数報告されており、様々な病原体の使用によって症状が改善する時期(排便回数が1日15~20回から3~5回に減少)もありますが、その後は著しい体重減少を伴い、スリム症候群を発症し、死亡に至ります。エイズ患者の中には、排便回数が1日90回に達する例もありました。
クリプトスポリジウム症の症状として、患者の15%が右上腹部に限局する腹痛、吐き気、嘔吐を報告します。黄疸が現れることもあり、これはしばしば胆嚢炎に伴って起こります。超音波検査では、胆嚢の腫大と伸展、胆嚢壁の肥厚、胆管の変化が明らかになります。急性胆嚢炎では胆嚢摘出術が行われる場合があり、その際に胆管狭窄や、浮腫状の「突出」したファーター乳頭(胆管の伸展)が認められる場合もあります。
肝炎および硬化性胆管炎では、発熱、吐き気、嘔吐、右季肋部痛がみられます。下痢はみられない場合もあります。ビリルビン値、アルカリホスファターゼ活性、トランスフェラーゼ値が上昇します。膵臓が影響を受けることはまれです。
肺損傷(特に腸管損傷を伴う場合)の場合、典型的なクリプトスポリジウム症の症状は現れず、咳、呼吸困難、息切れ、そして場合によっては声のかすれといった症状のみが現れることがあります。肺生検または剖検では、硬化細気管支上皮の表面にクリプトスポリジウムの集積が認められます。
膝、肘、手首、足首の関節に損傷を伴う反応性多発性関節炎が起こる可能性があります。
水系感染症の発生を診断するには、疫学的病歴が非常に重要です。散発的な症例の場合は、患者がリスクグループに属しているかどうかや免疫不全の存在が重要です。
クリプトスポリジウム症による腹部臓器の損傷は、X線検査で確認できます。胃を検査すると、壁の変形と粘膜のひだの肥厚が観察されます。十二指腸と小腸が侵されると、腸壁の痙攣性収縮、腸管腔の顕著な拡張、粘膜絨毛の萎縮、分泌物の過剰分泌、ひだの肥厚が観察されます。