腸管エルシニア症の治療に使用される病因薬としては、コハク酸ロイシンナトリウム、第 3 世代および第 4 世代のセファロスポリンが好ましい。
中等度および重度の場合には、抗生物質療法に加えて、解毒(1.5%のレムベリン溶液)、水分補給、抗ヒスタミン剤、ビタミン、食事療法などの対症療法が処方されます。
敗血症性エルシニア症では、通常、2種類の抗生物質(経口および非経口)、プロバイオティクス(アシポールなど)、およびグルココルチコイドが処方されます。関節炎および結節性紅斑では抗生物質は無効であり、抗リウマチ薬とグルココルチコイドを追加することでのみ進行を阻止できます。抗菌療法の効果を増強し、副作用を軽減するために、複合療法にポリ酵素薬Wobenzymを含めることが推奨されます。エルシニア症の複合療法にシクロフェロン(アクリドン酢酸メグルミン)を含めたところ、効果が得られました。
虫垂炎、膿瘍、骨髄炎の場合には外科的介入が適応となります。