胃腸型の臨床症状は、他の病因による腸感染症と同様です。この病気は多くの場合、急性に始まり、体温が38〜39℃に上昇し、中毒症状が現れます。倦怠感、脱力感、食欲不振、頭痛、めまい、吐き気、反復嘔吐、腹痛がよく見られます。この病気の一定の症状は下痢です。排便回数は1日に2〜3回から15回に増加します。便はゆるく、粘液と緑色のものが混ざっていることが多く、時には血も混じります。副反応として、粘液、多形核白血球、単赤血球、腸の酵素機能の障害が見られます。末梢血では、白血球数の左シフトを伴う中等度の白血球増多、ESRの上昇が見られます。
重症の場合、幼児は腸中毒症や髄膜炎の症状である腸管粘膜剥離症を呈することがあります。臨床症状がピークを迎えると、腹部は中等度に膨張します。触診すると、腸管に沿って、主に盲腸と回腸の領域で痛みとゴロゴロという音が聞こえます。肝臓や脾臓が腫大することもあります。一部の患者では、関節周辺、手足(手袋、靴下の症状)に好発する、皮膚に多形性の発疹(斑点状、斑状丘疹状、出血性)が現れます。場合によっては、関節の炎症性変化(腫れ、発赤、痛み、運動制限)や心筋炎現象が起こります。
偽虫垂型、または右腸骨部症候群は、主に5歳以上の小児に発症します。この疾患の持続的かつ主要な症状は腹痛で、しばしば痙攣性で、へそ周辺または右腸骨部に限局します。触診では、小腸に沿ってゴロゴロという音が聞こえ、右腸骨部にびまん性または局所的な痛みが認められ、ときに腹膜刺激症状も見られます。一時的な下痢や便秘、一時的な関節痛、軽度の上気道カタルがみられることもあります。血液検査では、白血球増多(8~25×10 9 /L)が認められ、白血球組成の左方偏移と赤沈(10~40 mm/h)の上昇が見られます。急性腹症の手術中に、カタル性または壊疽性虫垂炎が発見されることもありますが、より一般的には、腸間膜リンパ節炎(腸間膜リンパ節の腫大)、浮腫、回腸末端の炎症がみられます。摘出された虫垂からの培養検査では、Y. enterocolitica が検出されます。
腸管エルシニア症の敗血症型(全身性敗血症)はまれです。急性敗血症と亜急性敗血症に区別されます。
エルシニア症肝炎は急性に発症し、顕著な中毒症状、黄疸期でも下がらない高体温、赤沈亢進が見られます。一時的な下痢や腹痛が現れることもあります。一部の患者では、発症初期から様々な種類の発疹が見られます。発症3~5日目には、暗色尿、変色便、黄疸が認められます。肝臓は腫大し、圧迫され、疼痛を呈します。脾臓の縁を触診すると、その臨床像はウイルス性肝炎と非常に類似しています。追加の検査方法がなければ診断は困難です。エルシニア症肝炎では、肝酵素活性が低いか正常であることを考慮する必要があります。
結節性紅斑は主に10歳以上の小児に発症します。すねにチアノーゼ様の色合いを帯びた痛みを伴うピンク色の結節状の発疹が現れ、2~3週間で消失します。これは、より長期間持続するリウマチ性紅斑とは異なります。結節性紅斑の患者の半数では、過去の胃腸炎、腹痛、そして時には上気道の変化が認められることがあります。
腸管エルシニア症の関節型は、非化膿性の多発性関節炎および関節痛として発症します。まれにしか観察されず、主に10歳以上の小児に見られます。関節炎発症の5~20日前に、小児は発熱を伴う腸障害を経験します。膝関節と肘関節が最も多く侵され、手足の小関節が侵されるケースは稀です。関節は痛み、腫れ、関節上部の皮膚は充血します。急性期における患部の関節のX線検査では、病理学的変化は認められません。