結核性腸疾患は、初期には無症状または非特異的な全身症状を示すことがあります。食欲不振、食後の吐き気や腹部の重苦しさ、脱力感、倦怠感、亜熱性発熱、発汗増加、腸の膨張、不安定な便、特徴のない腹痛などが挙げられます。その後、痛みはより持続的になり、右腸骨部や臍付近に限局することが多くなります。肺症状がより顕著な二次性の結核性腸疾患は、しばしば見過ごされます。進行した症例では、触診により盲腸および回腸末端部の壁の緻密で有痛性の肥厚が明らかになります。ときには右腸骨部に腫瘍のような形成物が触知されることもあります。直腸疾患では、しぶり腹や偽尿意が生じる可能性があり、肛門または腸粘膜に治癒しにくい結核性潰瘍が生じることがあります。
結核性中腸間膜炎では、痛みはへその左側下方および小腸間膜に沿って局在します。開放性肺結核、喉頭・咽頭疾患を有する患者において、腹痛、消化不良、不安定な便、または特徴的な触診所見が認められる場合、結核性腸疾患が疑われることがあります。