自己免疫性肝炎の経過および予後は極めて変化しやすい。黄疸と衰弱が発症すると、コースは悪化するエピソードを伴う波状の特徴を有する。まれな例外を除いて、このように進行する慢性肝炎の結果は必然的に肝硬変である。
10年生存率は63%です。患者の3分の1のコルチコステロイド治療2年後に達成された寛解は、5年まで持続し、2/3は再発し、第2の治療コースを必要とする。コルチコステロイドの再投与には、より多くの副作用があります。平均余命は12.2年です。最高の死亡率は、この疾患が最も活発である最初の2年間に観察される。持続性寛解は、疾患が早期に診断され、十分な免疫抑制が達成された場合に、より典型的である。コルチコステロイドによる治療は患者の生活を延ばすが、最終的に大部分が肝硬変の末期段階を呈する。
閉経期の女性は、初期コルチコステロイド療法に反応するが、後日より多くの副作用を引き起こす。
HLA-B8の患者は、一般に若年であり、治療時にはより重篤な疾患の像を有し、より頻繁に再発を発症する。
膨張した食道静脈は、初期の発見にはあまり一般的ではない。それにもかかわらず、食道の静脈瘤および肝細胞不全からの出血は、一般的な死因である。