自己免疫性肝炎の経過と予後は極めて多様です。経過は波状的で、黄疸や衰弱が増悪する時期を繰り返すことで悪化します。このように慢性肝炎が進行すると、まれな例外を除き、必然的に肝硬変に至ります。
10年生存率は63%です。2年間のコルチコステロイド療法後に達成される寛解は、患者の3分の1で最大5年間持続しますが、3分の2の患者で再発が起こり、2回目の治療が必要になります。コルチコステロイドを繰り返し投与すると、より多くの副作用が観察されます。平均余命は12.2歳です。死亡率は、病気の活動性が最も高い最初の2年間に最も高くなります。病気が早期に診断され、適切な免疫抑制が達成された場合、持続的な寛解がより一般的に得られます。コルチコステロイド療法は患者の寿命を延ばしますが、最終的にはほとんどの患者が末期肝硬変を発症します。
閉経後女性は初期のコルチコステロイド療法に反応しますが、後期の副作用がより多く現れます。
HLA-B8 を持つ患者は通常若く、治療時の病状が重篤で、再発がより頻繁に起こります。
食道静脈瘤は早期発見としては一般的ではありません。しかし、食道静脈瘤出血と肝細胞不全は一般的な死因です。