小児におけるサイトメガロウイルス感染症の治療は、抗ウイルス薬と免疫調節薬の使用が基本となります。病因療法は現在存在しません。この疾患の全身型では、コルチコステロイドを2週間投与し、ビタミンC、K、P、Bを含むビタミン複合体を使用します。ウイルスは免疫系を抑制するため、免疫刺激薬(チマリン、T-アクチビン)が処方されます。ガンシクロビルは、1日10mg/kgの用量を7日間投与することで効果を発揮します。
予報
先天性細胞巨大症は、予後不良となる場合が多くあります。この病気は致命的となる可能性があり、生存したとしても、知能低下、難聴、中枢性麻痺、小頭症、運動機能低下・多動症、寡動症などの中枢神経系機能障害が残ることがあります。無症状の先天性細胞巨大症の小児でも、知能低下が見られる場合があり、学業成績が遅れたり、疲労感、不眠症、頭痛などを訴えることがあります。
単核球症として発症する後天性サイトメガロウイルス感染症は、ほとんどの場合回復に終わりますが、全身型の場合は、特に肺、肝臓、中枢神経系が感染過程に継続的に関与している場合、致命的な結果に至る可能性があります。