C型インフルエンザウイルスのウイルス粒子は、 A型およびB型のウイルスと同じ形状をしています。しかし、抗原特性だけでなく、他の多くの特徴においても異なります。ゲノムは7つの断片からなる一本鎖マイナスRNAで構成されており、そのヌクレオチド配列はA型およびB型のウイルスとは大きく異なります。
ゲノムは1~2個の非構造タンパク質と6個の構造タンパク質をコードしています。C型ウイルスはノイラミニダーゼを欠損しているため、ウイルス粒子の外膜にはA型およびB型ウイルスと同じサイズのスパイクが1種類しか存在しません(高さ8~10 nm、直径4~5 nm)。しかし、A型およびB型ウイルスとは異なり、スパイクはランダムではなく、互いに7.5 nmの距離を置いて明確な六角形に配列しています。スパイクは、ヘマグルチニンとノイラミン酸-O-アセチルエステラーゼ(グリコペプチドHE)という2つの機能を持つグリコシル化ペプチドgp88によって形成されます。したがって、C型ウイルスは、アセチル-9-O-アセチルノイラミン酸を含むムコペプチドという別の細胞受容体によって認識されます。このため、C型ウイルスと他の型のウイルスの間で吸着段階で競合が発生しません。
C型インフルエンザウイルスは、A型およびB型ウイルスに比べて鶏胚への適応が非常に困難で、鶏胚および細胞培養において低温(32~33℃)でのみ増殖します。C型ウイルスはA型ウイルスほど変異性が高くありません。C型インフルエンザウイルスはパンデミックや大規模な流行を引き起こすことはありませんが、散発性インフルエンザの原因となることがよくあります。臨床像は、比較的軽症のA型インフルエンザと同様です。診断は鶏胚におけるウイルス分離に基づいて行われ、免疫蛍光法やその他の血清学的反応も用いられます。