色素内視鏡検査は、内視鏡的所見では鑑別困難な疾患の鑑別診断に用いられます。多くの場合、良性疾患と悪性疾患、特に早期段階の疾患の鑑別、そして腫瘍病変や粘膜の炎症性変性変化の真の境界の特定に用いられます。染色剤としては、メチレンブルー、コンゴーレッド、インジゴカルミン、ルゴール液、エバンスブルーなどが用いられます。
生体染色剤の有効性は、組織に対する造影効果、生物学的効果、化学的効果、蛍光効果といった特性に基づいています。造影効果により、臓器粘膜に染料(メチレンブルー、インジゴカルミン、エバンスブルー)を塗布すると、粘膜の凹凸が強調されます。生物学的効果とは、染料が細胞膜を通過して細胞質に浸透し、in vitro染色(メチレンブルー)を起こすことを意味します。染料(コンゴーレッド、ニュートラルレッド、ルゴール液)は、適切なpHレベルにある上皮細胞や分泌物と化学反応を起こし、その結果に基づいて臓器の機能状態を判断することができます。
直接法と間接法の色彩測定法が使用されます。
直接染色法では、内視鏡検査中にカテーテルまたは内視鏡の挿入部を通して臓器表面に直接染色剤を塗布します。染色剤は標的部位に噴霧することも、全体に噴霧することもできます。この場合、臓器組織だけでなく、フィブリンや粘液などの他の組織も染色されるため、診断エラー(偽陽性)が発生する可能性があります。染色剤を塗布する前に臓器を慎重に準備すること(機械的洗浄、粘液の溶解・除去、環境の中和など)は、これらのエラーを回避するのに役立ちます。
間接法によるクロモスコピーは、内視鏡検査の前に検査対象臓器の内腔に染色剤を注入することを基本としています。患者は染色液を飲むか、プローブを通して染色剤を注入します。直接法と同様に、より正確な結果を得るためには、染色のための粘膜前処理が必要です。