ダニ媒介性脳炎に対して抗生物質は無効です。発症初期の病因治療として、特異的ヒト免疫グロブリンを0.5 ml/kg/日の割合で2~3日間投与します。脱水(25%硫酸マグネシウム溶液、マンニトール、ラシックス、20%ブドウ糖溶液など)と解毒(レムベリン溶液、レオポリグルシン、アルブミン)を行います。
症候群治療と対症療法が広く用いられています。複合療法にポリ酵素薬Wobenzymを組み込むと良好な効果が得られるというデータがあります。重症の場合は、年齢に応じた用量のグルココルチコイドを5~10日間処方します。呼吸器疾患が発生した場合は、人工呼吸器に移行します。
回復期には、マッサージ、体操、理学療法が積極的に行われ、その後は温泉療法が適応となります。文献によると、小児用アナフェロンはダニ媒介性脳炎の緊急予防策として使用できることが報告されています。