膵嚢胞の治療は主に外科的(手術的)または「半外科的」な方法で行われます。半外科的治療とは、超音波制御下で特殊な穿刺針を前腹壁に挿入し、嚢胞の内容物を吸引する治療法です(通常、この方法は単一の大きな嚢胞に用いられます)。しかし、「穿刺は容易で安全な処置である」という事実にもかかわらず、必ずしも治癒につながるわけではありません。嚢胞の内容物が再び蓄積する可能性があります。嚢胞の化膿(膵壊死または外傷後の仮性嚢胞では、まずこの合併症が起こる可能性があります)の場合、広域スペクトル抗生物質が大量に処方され、外科的治療の必要性、緊急性、および可能性が判断されます。膵仮性嚢胞(急性膵炎の合併症として発生)の全体的死亡率は 14%、外科的治療の場合は 11%、敗血症、大量出血、腹腔穿孔などの重篤な合併症が発生した場合は 50% です。膿瘍形成の場合、外科的ドレナージを行わない場合は 100%、外科的治療を行った場合は生存率は 40~60% です。
現在までに、膵臓の仮性嚢胞(および真性嚢胞)を治療するための外科的技術は大幅に改善され、敗血症性合併症および膿瘍の治療にはより強力な現代の抗生物質が使用されるようになりました。さらに、併発疾患、年齢、嚢胞の数、位置など、各患者に関する特定のデータを考慮する必要があります。現時点では、仮性嚢胞の治療結果はより楽観的であるように思われます。
膵臓の嚢胞や仮性嚢胞では、外分泌および内分泌の膵機能不全を発症する可能性があり、その治療は慢性膵炎と同じ原則に従って行われます。