子宮内発育20日目から、胚体内の腸管内胚葉は管状に折り畳まれ、原始腸管を形成します。原始腸管は前部と後部が閉鎖しており、索の前方に位置します。原始腸管は消化管(口腔と肛門部を除く)の上皮と腺を形成します。消化管の残りの層は、原始腸管に隣接する中胚葉の非分節部分の内側板である内胸板から形成されます。
胚発生第3週目には、胚の頭端(口湾)と尾端(肛門湾)に外胚葉の陥凹が形成されます。口湾は主腸の頭端に向かって深くなります。口湾と主腸の間の膜(咽頭膜)は、胚発生第4週目に破裂します。その結果、口湾は主腸と繋がるようになります。肛門湾は当初、肛門膜によって主腸の空洞から隔てられていましたが、この肛門膜は後に破裂します。
子宮内発育第4週目には、一次腸の腹壁が前方に突出する(将来の気管、気管支、肺となる)。この突出は、頭部(咽頭)腸と後部腸幹の境界として機能する。腸幹は前腸、中腸、後腸に分かれる。頬側湾の外胚葉性内層は、口腔上皮と唾液腺を形成する。咽頭腸からは咽頭上皮と腺が、前腸からは食道と胃上皮と腺が、中腸からは盲腸、上行結腸、横行結腸の上皮内層、そして肝臓と膵臓上皮が形成される。後腸は、下行結腸、S状結腸、および直腸の上皮と腺の発生源です。臓側腹膜を含む消化管壁の残りの構造は、臓側胸膜から形成されます。壁側腹膜と腹膜下組織は、体側胸膜から形成されます。
口腔壁、顔面頭蓋骨、および一部の内臓の発達は、胎児の鰓器の変形と関連しています。咽頭腸の両側壁には5対の突起(鰓ポケット)が形成され、それらの間にはシール、すなわち鰓弓があります。最初の(上顎)弓と2番目の(舌骨)弓は内臓弓と呼ばれ、下の3対は鰓弓と呼ばれます。最初の内臓弓の材料から、様々な変形の結果として、口腔の上下の壁、上顎と下顎、唇、聴覚器官の小さな骨(槌骨、砧骨)、および咀嚼筋が形成されます。第二臓弓の組織からは、舌骨の小角と小体、側頭骨の茎状突起、アブミ骨、そして顔面筋が形成される。第一鰓弓は舌骨の大角を形成し、残りの鰓弓は喉頭軟骨を形成する。鼓室や耳管などの上皮は第一鰓弓ポケットの上皮から形成され、扁桃窩の上皮は第二鰓弓ポケットから形成され、胸腺と副甲状腺の上皮成分は第三および第四鰓弓ポケットの上皮から形成される。
舌は、胎生5週目から、対をなさない外胚葉原基(舌体の後端と中央部)と対をなす外胚葉原基(舌体後部、舌根)から形成されます。原基は徐々に成長し、舌乳頭は胎内6~7ヶ月目に形成されます。
歯は、上顎骨突起と下顎骨突起の縁を覆う外胚葉から形成されます。結果として生じた外胚葉性の歯板(肥厚部)は、徐々に歯槽突起の間葉組織へと沈み込みます。歯髄は間葉組織に由来します。
胚発生の2ヶ月目には、一次腸が複雑な変化を遂げます。一次腸ループが形成され、臍の開口部に向かって曲がっています。腸は臍の開口部から腹腔から部分的に出ます(生理的臍ヘルニア)。子宮内生活の4ヶ月目にのみ、臍輪は狭くなり、腸ループは腹腔内に戻ります。胚発生の2ヶ月目には、前腸(将来の胃)の拡張が形成され始めます。形成された一次腸ループの下に、小さな突起、つまり盲腸の原基が現れます。腸ループの下降膝から小腸が形成され、上降膝から大腸が形成されます。腸の下降膝の最初の部分はその後十二指腸に、残りの部分は小腸の腸間膜部分に変化します。盲腸原基の背側には、結腸左弯曲が形成され、横行結腸と下行結腸が形成される。胎生6ヶ月までに、結腸上行部と右弯曲が形成される。結腸末端部はS状結腸に変化する。胎生期の下部では、総排泄腔に横隔膜が形成されることで、直腸が大腸から分離される。成長する隔膜は、総排泄腔を泌尿生殖部(前部)と会陰部(後部)に分割する。総排泄腔(肛門)膜が破れ、肛門が形成されると、直腸は外側に開く。腸管の分化と同時に、直腸は成長に伴って位置を変化させる。子宮内生活の2〜3ヶ月目には、後腸は腸ループの前の正中面から左上に移動します。腸ループは右に180°回転します(時計回り)。盲腸の原基は右上の位置に移動し、腸ループの上部膝は盲腸の後ろに下降します。腸ループの成長を背景に、子宮内発達の前半の盲腸の原基は右に下降し、右腸骨窩に入ります。腸ループは右に90°曲がります。腸の下降膝の延長、小腸の多数のループの形成により、結腸が大幅に上方に移動し、その位置が変わります。その結果、上行結腸は腹腔内の右側に発生し、横行結腸は横方向に配置されます。