炭疽菌の潜伏期間は通常 2 ~ 3 日ですが、まれに 6 ~ 8 日に延長したり、数時間に短縮されることもあります。
炭疽病には局所型と全身型があります。最も一般的なのは局所型(皮膚型)です。
皮膚炭疽病。病原体が侵入した部位に赤い斑点が現れ、すぐに赤銅色の丘疹へと変化し、痒みを伴います。数時間後、丘疹の部位に小水疱が形成され、その内容物は最初は漿液性ですが、その後暗色で血性になります。患者は激しい痒みのために膿疱を掻きむしることがよくありますが、まれに膿疱が破裂して潰瘍を形成することもあります。潰瘍の表面から大量の漿液性出血性滲出液が分泌され、「娘」小水疱が形成され、これが破裂すると潰瘍が偏心的に成長します。膿疱の部位には、急速に黒ずみ、大きくなる痂皮が形成されます。痂皮は互いに癒合し、暗色で硬く、しばしばわずかに凹んで凹凸のある痂皮を形成します。この時期、かさぶたの下に、健康な皮膚よりも高い位置まで盛り上がった深紅色の筋状の浸潤が生じ、浮腫も併発します。特に皮下組織が緩んでいる部位(顔面)では、広い範囲に及ぶこともあります。患部の痛みはほとんど感じられず、注射も痛みはありません。
その後、皮膚型の炭疽病では局所リンパ節炎が発生します。
消化管炭疽:腹部に鋭い切れるような痛みを特徴とし、その後すぐに吐き気、血性嘔吐、血性下痢、腸管麻痺が起こります。炭疽菌による腸管損傷は、腹膜の炎症、腹水、穿孔、そして腹膜炎を引き起こします。
肺炭疽:呼吸困難、胸痛、粘膜のチアノーゼ、皮膚蒼白、分離困難な漿液性または漿液性出血性の痰が早期に出現します。肺では、下肺野で打診音が鈍く、乾性および湿性ラ音が聴取され、しばしば胸膜炎を呈します。痰中には炭疽菌が大量に検出されます。心血管不全が進行するにつれて、致死的な転帰を辿ります。