ハイブリダイゼーション手順は、ゲル上、フィルター上または溶液中だけでなく、組織学的または染色体調製物上でも行うことができる。この方法はin situハイブリダイゼーションと呼ばれています。蛍光色素で標識されたDNAまたはRNA調製物がプローブとして使用される方法の変形は、FISH(フルオレセインin situハイブリダイゼーション)と呼ばれる。標識されたDNAプローブは、差別的に着色され、ハイブリダイゼーション(変性)中期染色体のために調製された調製物に適用される。ゲノムDNAへのプローブの接近を容易にするために、染色体の前処理が用いられる。DNAの局在化が使用されるDNAプローブに相補的な配列(放射性標識を用いて)または対応する処置(ビオチンまたはフルオレセイン標識DNAプローブを用いて)結合していないDNA分子を洗浄し、感光性乳剤を塗布した後、場合顕微鏡自体を識別することができます特定の染色体の対応する部分の特徴点の形。
この調査方法は、染色体の所属だけでなく、調査中の遺伝子の染色体内局在をも決定することを可能にする。