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疾患の有病率が高いにもかかわらず、特異的な症状がないため、栄養血管性ジストニアの診断は非常に困難です。それぞれの症例において、類似の症状を示す疾患を明確に除外する必要があります。つまり、鑑別診断が常に必要です。除外すべき疾患の範囲は非常に広く、中枢神経系の器質性病変(神経感染症、腫瘍、外傷性脳損傷の影響)、様々な内分泌疾患(甲状腺中毒症、甲状腺機能低下症)、動脈性高血圧症および動脈性低血圧症の症状、虚血性心疾患、心筋炎および心筋ジストロフィー、心筋欠損症、その他の心疾患などが挙げられます。過渡期(臨界期)(思春期)に自律神経血管性ジストニアの症状が現れても、鑑別診断なしに自律神経血管性ジストニアの診断を立証する有力な根拠にはなりません。なぜなら、この時期には他の多くの疾患が発症したり悪化したりするからなのです。
類似の症状を示す疾患を除外する過程で、依然として栄養血管性ジストニアの診断が最も可能性が高いと判断された場合、さらなる診断プログラムには、その発生原因の可能な分析、臨床症状(承認された分類に従って)による栄養血管性ジストニアのタイプの特定、および循環障害の病因を明らかにすることを目的とした心電図、血行動態、血管緊張の研究が含まれます。初期の栄養緊張、栄養反応性、栄養活動の支持の決定を含む、栄養状態の検査は必須です。