慢性C型肝炎の予後は非常に様々です。いくつかのケースでは、この疾患は1~3年以内に自発的改善を伴う良性経過を有し、他のものでは、進行が肝硬変への転移で観察される。イタリアでの研究によると、慢性肝炎は、輸血後肝炎患者135人の77%で発症しました。15年の終わりまでに、65人の肝生検患者は肝硬変を有していた。肝硬変患者の半数が生命を脅かす合併症を発症した。日本人の著者によると、輸血後の肝硬変の発症前に肝炎は肝細胞癌の発生まで約20〜25年、約30年を経過しています。米国の専門施設で治療慢性輸血後のHCV感染患者では、疾患は、進歩的な性格であったと肝不全や肝細胞癌からの死につながります。
一般に、肝疾患の生化学的および組織学的徴候にもかかわらず、予後のある慢性肝炎は無症候性であるため、長期間にわたり肝不全が後に発症する。
HCV感染と肝細胞癌との関係は、スペイン、イタリア、日本および米国で実施された研究において確立されている。
予後不良因子による血清トランスアミナーゼの非常に高い活性、肝生検にアクティブ肝硬変、「ウイルス負荷»(HCV-PHKハイレベル)、遺伝子型1bと、このようなアルコール性肝疾患またはHBV感染のようないくつかの関連する疾患を含みます。インターフェロン療法の終了後のHCV-RNAの陽性試験は、再発の可能性が高いことを示している。