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赤痢(細菌性赤痢)の潜伏期間は、主に感染経路と病原体の量によって異なります。通常は6~8時間から7日間、平均2~3日間です。
赤痢(細菌性赤痢)はほとんどの場合、急性症状として始まり、体温が38~39℃以上に上昇します。症状は3~5日程度で治まります。発症初日には、しばしば1回限りの嘔吐が見られますが、通常はその後数日間で再発することはありません。3日間以上続く嘔吐は、細菌性赤痢では一般的ではありません。
子どもは落ち着きを失い、食事を拒み、睡眠不足になり、頭痛や腹痛を訴えることが多く、しばしば痙攣を起こします。痙攣の部位は不明瞭な場合もあれば、左腸骨部に現れる場合もあります。便の回数が増え、液状化します。病的な不純物は、濁った粘液、緑色の便、血の筋、そして稀に赤い血の混じった便(「血結腸性」便)として現れます。発症初期には、通常、便は多量で、便性便です。しかし、発症1日目の終わり頃、多くの場合2~3日目には、便の量は少なくなり、濁った粘液(しばしば膿)の塊に血の筋(または血の混じったもの)が混じった「直腸便」となります。
赤痢(細菌性赤痢)の急性期には、しぶり腹(排便前に腹部にしつこい、または鋭い痛み)が現れます。S状結腸と肛門括約筋の同時痙攣により、激しい便意が起こります。便意は偽便である場合もあります。子どもは便器に座り、いきみ、腹痛を訴えますが、排便は起こりません。排便時の偽便意やいきみは非常に顕著で頻繁に起こり、直腸粘膜の脱出につながる可能性があります。近年、直腸粘膜の脱出は稀にしか見られず、肛門括約筋炎により肛門が柔軟になっている場合が多く、肛門が開く場合も稀です。