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腸結核の治療は、結核専門病院で特定の抗結核薬を用いて行われます。増悪期には、タンパク質、消化しやすい脂肪、ビタミンを豊富に含むピューレ状の食事を、1日に4~5回に分けて与える必要があります。腸内酵素の働きに障害がある場合は、消化酵素製剤が処方され、鉄欠乏性貧血の場合は鉄剤が非経口投与されます。
予後。適切な治療を受けない場合、腸結核の経過は通常進行性です。予後は、腸管だけでなく肺やその他の臓器における結核病変の重症度によって大きく左右されます。腸管腔狭窄、腸閉塞、腹膜炎、結核性潰瘍の穿孔、腸出血、吸収不良症候群、アミロイドーシスといった合併症の可能性は、予後を悪化させます。