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体内のセレン欠乏はグルタチオンペルオキシダーゼの活性を低下させ、セレンの摂取は活性を高めます。一部の疾患では、グルタチオンペルオキシダーゼの活性低下が病態のダイナミクスを大きく左右します。
アルコール依存症患者ではグルタチオンペルオキシダーゼ活性が低下し、その結果、アルコールの有害な作用から肝細胞を保護する能力が低下します。このような患者の血中グルタチオンペルオキシダーゼ活性とセレン濃度は、アルコール摂取を中止すると正常に戻ります。
グルタチオンペルオキシダーゼ活性の低下は、がんのリスクを著しく高めます。嚢胞性線維症患者はセレンの吸収が不良で、グルタチオンペルオキシダーゼ活性が低下します。このような患者においてグルタチオンペルオキシダーゼ活性をモニタリングすることで、補充療法に関する適切な判断を迅速に行うことができます。
グルタチオンペルオキシダーゼの活性が低下し、セレン濃度も低下すると不妊症を引き起こす可能性があります。
フリーラジカルは関節リウマチの発症に関与しているため、この疾患ではグルタチオンペルオキシダーゼの活性とセレン濃度が低下することがよくあります。
プログラム血液透析を受けている患者では、グルタチオンペルオキシダーゼ活性が低下します。これは、血液透析に伴う微量栄養素、特にセレンの欠乏によって引き起こされます。