体内のセレンの欠乏はグルタチオンペルオキシダーゼの活性を低下させ、セレンの導入はそれを増加させる。特定の疾患におけるグルタチオンペルオキシダーゼ活性の低下は、病理学的プロセスの動態を主に決定する。
グルタチオンペルオキシダーゼの活性は、アルコール依存症の患者において減少し、その結果、肝細胞のアルコールの有害な影響からの保護が損なわれる。これらの患者のグルタチオンペルオキシダーゼおよび血液中のセレン濃度は、アルコールの回収後に正常に戻る。
グルタチオンペルオキシダーゼの活性低下は、癌のリスクを有意に増加させる。嚢胞性線維症の患者では、セレンはほとんど吸収されず、グルタチオンペルオキシダーゼの活性が低下する。このような患者におけるグルタチオンペルオキシダーゼの活性をモニタリングすることにより、代用療法の実施に関するタイムリーな決定が可能となる。
低いグルタチオンペルオキシダーゼ活性および低いセレンレベルは、不妊症の原因となり得る。
フリーラジカルは関節リウマチの病因に関与しているので、この疾患ではグルタチオンペルオキシダーゼの活性とセレンの濃度が低下することがよくあります。
グルタチオンペルオキシダーゼの活性は、プログラム血液透析患者では減少する。これは、血液透析に伴う微量元素、特にセレンがないためです。