耳真菌症の症状や臨床症状は、耳の中にある特定の真菌の繁殖の結果であり、主にその過程の局在によって決まります。
外耳道真菌症の主な症状は、液性分泌物(カンジダ症)、痂皮形成、外耳道の閉塞(アスペルギルス症)、かゆみ、痛み、耳詰まりです。急性期には、頭痛、発熱、耳介、耳の後ろ、外耳道の過敏性亢進を訴える患者もいます。外耳道真菌症のどの病型においても、聴覚障害は全く認められないか、あるいは音伝導器官の損傷の種類によっては軽微です。
真菌性中耳炎の臨床症状は、中耳の炎症性化膿性プロセスの症状と真菌感染症の症状の両方によって特徴付けられます。真菌性中耳炎患者の主な訴えは、難聴、耳だれ、耳の周期的な痒み、めまいなどです。中耳の真菌感染症の客観的な兆候は、特定の分泌物の存在であり、その色と粘稠度は真菌病原体の種類によって異なります。多くの場合、外耳炎の症状が加わります。鼓膜は充血し、浸潤しており、様々な大きさの穿孔がよく見られます。いずれの場合も、鼓室の目に見える粘膜は充血し、浸潤しており、時にはその上に顆粒が形成されます。
術後中耳腔真菌症の場合、上皮の修復は見られないか、著しく遅くなり、外耳道壁は充血し、不均一に浸潤し、新鼓室腔は他の部位の耳真菌症の特徴である病的な分泌物で満たされます。小さな出血性顆粒が検出されます。
耳真菌症の経過は長く、周期的に増悪を繰り返します。増悪時には、耳の激しい痛み、かゆみ、耳詰まり、耳だれ、頭痛、めまいなどの症状が現れます。