基礎体温は直腸で測定されます。排卵時期をより正確に予測するために役立ちます。そのためには、毎日(朝晩)直腸温度を測定してください。体温計を肛門に深く挿入しすぎないようにしてください。2~3cm程度で十分です。測定結果をノートに記録し、縦軸(上向き)に直腸温度、横軸(横向き)に月経周期の1日目から28日目(月経周期が短い場合や長い場合は最終日まで)までの日数をプロットしたグラフを作成します。
同時に、排卵期(約14日目)には基礎体温が0.5℃上昇します。さらに、この方法を用いることで、排卵が全く起こっていないと判断できる場合もあります。これは不妊症の場合に起こります。その場合、グラフ上では体温の上昇がなく、排卵予定期間にほぼ直線が描かれます。